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全自動細胞計數(shù)儀在單細胞測序中的應(yīng)用

更新時間:2022-05-31點擊次數(shù):859
 
  單細胞基因組學(xué)技術(shù)目前正應(yīng)用得如火如荼,比如單細胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性測序(ATAC-seq)。與傳統(tǒng)的大量細胞測序方法相比,單細胞基因組學(xué)技術(shù)突出了細胞之間的差異,有助于更深入地了解樣本材料。例如,scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄圖譜,而ATAC-seq能夠說明染色質(zhì)可接近性及其對基因表達的影響。
 

 

  不過,此類研究都需要對分離的細胞核進行準確計數(shù),因為文庫制備的要求是未裂解細胞的數(shù)量低,且樣本中不含細胞團塊和碎片。此外,許多單細胞基因組學(xué)技術(shù)都需要完整的細胞核才能正常運行。
 
  全自動細胞計數(shù)儀采用的方法?
 
  臺盼藍染色法:
 
  臺盼藍染色是常用的對死活細胞進行分別計數(shù)的方法之一,染色原理是臺盼藍不能透過活細胞完整的細胞膜,故活細胞不著色;而死亡細胞的細胞膜損傷,染料透過細胞膜在細胞內(nèi)富集而使細胞著藍色。不過,臺盼藍染色并不一定能準確分辨有核細胞和細胞碎片,因此它往往低估細胞總數(shù)而高估細胞活力。
 
  熒光細胞計數(shù)方法:
 
  吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理:活細胞經(jīng)AO染色發(fā)出綠色熒光,而死細胞經(jīng)PI染色發(fā)出紅色熒光。重要的是,對背景復(fù)雜的細胞,比如說外周血單個核細胞,含有細胞碎片較多或成簇的細胞計數(shù),避免了細胞碎片的檢測。這種方法最近也應(yīng)用在單細胞基因組學(xué)應(yīng)用上,其中綠色對應(yīng)了完整細胞,而紅色對應(yīng)了成功分離的細胞核。這種策略讓研究人員能夠計算未裂解的殘留細胞占總細胞數(shù)的百分比,同時對細胞核進行計數(shù),提示樣本質(zhì)量,幫助研究人員確定是否繼續(xù)進行單細胞基因組學(xué)流程。
 
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